*本系统功能模块、字段参数,均可结合用户实际业务需求调整,可增可减,以达到最佳业务管理流程的体验!
编号 | 模块名称 | 字段参数 |
1 | 数据上传 | 样本编号、测序平台、测序策略、PE/SE、测序数据文件、质量控制文件、样本信息文件、参考基因组文件、序列数据类型、数据质量文件等 |
2 | 数据预处理 | 文件格式、质量剪切阈值、平均质量阈值、N碱基阈值、连续N碱基阈值、连续碱基阈值、低质量比例阈值、滤除低质量比例、滤除接头序列、清除N碱基等 |
3 | 序列比对 | 测序数据文件、参考基因组文件、输出比对结果文件、比对工具、比对参数、比对质量文件、比对命令、比对日志文件、比对时间、比对效率等 |
4 | 比对结果质控 | 比对结果文件、质量过滤阈值、比对率过滤阈值、重复度过滤阈值、质控结果文件、结果可视化图表、具体过滤操作、质控报告、质控参数、质控统计信息等 |
5 | 变异检测 | 比对结果文件、参考基因组文件、质量过滤阈值、覆盖度过滤阈值、变异检测工具、变异检测参数、变异检测结果文件、检测质量文件、变异类型、变异频率等 |
6 | 变异注释 | 变异检测结果文件、参考数据库文件、变异注释工具、注释参数、注释结果文件、注释命令、注释质量文件、注释时间、注释工具版本、注释数据库版本等 |
7 | 基因功能注释 | 注释结果文件、功能数据库文件、注释工具、注释参数、注释结果、注释命令、注释质量文件、注释时间、注释工具版本、注释数据库版本等 |
8 | 表达量分析 | 比对结果文件、基因注释文件、表达量计算工具、表达量计算参数、表达量结果文件、表达量质量文件、差异表达分析工具、差异表达分析参数、差异表达结果文件、表达量差异情况等 |
9 | 突变驱动分析 | 变异注释结果文件、突变驱动分析工具、突变驱动分析参数、突变驱动结果文件、突变驱动提示信息、突变驱动分析方法、突变驱动分析命令、突变驱动质量文件、突变驱动时间等 |
10 | 功能富集分析 | 功能注释结果文件、GO数据库文件、功能富集分析工具、功能富集分析参数、功能富集结果文件、功能富集图谱、具体功能富集结果、富集分析命令、功能富集质量文件、富集分析时间等 |