*本系统功能模块、字段参数,均可结合用户实际业务需求调整,可增可减,以达到最佳业务管理流程的体验!
编号 | 模块名称 | 字段参数 |
1 | 数据导入 | 文件路径、样本ID、测序平台、测序类型、测序数据等 |
2 | 数据清洗 | 测序质量分数、碱基个数、N碱基个数、GC含量、碱基分布等 |
3 | 去除低质量数据 | 过滤比例、最小碱基质量、最小N碱基数量、最小序列长度、最小GC含量等 |
4 | 数据修复 | 局部比对分数、错配碱基数量等 |
5 | 数据预处理 | 序列重复率、K:mer分布、错配碱基率、GC含量分布等 |
6 | 基因组组装 | K:mer长度、碱基配对比、最大重叠长度、双链长度、裂解辅助长度等 |
7 | 基因序列比对 | 比对算法、对应基因组、比对得分、序列覆盖度、错配碱基数目等 |
8 | 基因注释 | 基因ID、基因名称、基因起始位置、基因终止位置、基因功能等 |
9 | 基因表达 | 基因表达值、组织/细胞类型、实验条件、表达差异、FPKM值等 |
10 | 基因变异 | 突变类型、突变位点、突变频率、突变影响、突变检测方法等 |
11 | 基因拷贝数变异 | 拷贝数多态性、拷贝数变异位点、拷贝数变异类型、拷贝数变异频率、拷贝数检测方法等 |
12 | 基因结构变异 | 结构变异类型、结构变异位点、结构变异大小、结构变异频率、结构变异检测方法等 |
13 | 基因功能注释 | 功能分类、GO注释、KEGG通路、反向比对结果、相关基因等 |
14 | 基因网络分析 | 基因关系网络、关键基因、调控网络、共表达网络、网络可视化等 |
15 | 重要基因预测 | 功能预测方法、基因家族、重要基因预测结果、数据来源、可信度评估等 |
16 | 基因进化分析 | 进化树构建方法、进化分支、进化时间、进化速率、进化选择压力等 |
17 | 基因演化分析 | 演化树构建方法、演化关系、基因结构变化、基因功能变化、演化分支点等 |
18 | 比较基因组学 | 物种比较、基因保守性、基因家族演化、基因失活、基因重复等 |
19 | 基因组可视化 | 基因组结构图、非编码区可视化、基因表达热图、拷贝数变异图、突变频谱等 |
20 | 数据导出 | 导出格式、导出路径、导出选项、导出样本、导出结果等 |