*本系统功能模块、字段参数,均可结合用户实际业务需求调整,可增可减,以达到最佳业务管理流程的体验!
编号 | 模块名称 | 字段参数 |
1 | 项目管理 | 项目名称、项目ID、样本类型、样本来源、表达量单位、测序平台、实验类型、数据分析流程、上机时间、数据分析结果等 |
2 | 样本管理 | 样本ID、样本名称、样本类型、样本来源、样本处理方法、样本存储条件、样本数量、样本质控结果、样本浓度、样本体积等 |
3 | 序列质控 | 样本ID、样本名称、过滤后碱基数、Q20比例、Q30比例、GC含量、N含量、长度分布、过滤前样本数量、过滤后样本数量等 |
4 | 数据预处理 | 样本ID、样本名称、过滤后碱基数、Q20比例、Q30比例、GC含量、N含量、长度分布、过滤前样本数量、过滤后样本数量等 |
5 | 转录本组装 | 样本ID、样本名称、转录本ID、转录本注释、转录本长度、转录本丰度、转录本差异表达、转录本富集分析等 |
6 | 基因差异表达 | 样本ID、样本名称、差异基因ID、差异基因注释、差异基因调控通路、差异基因表达水平、差异基因富集分析等 |
7 | lncRNA分析 | 样本ID、样本名称、lncRNAID、lncRNA注释、lncRNA长度、lncRNA丰度等 |
8 | mRNA分析 | 样本ID、样本名称、mRNAID、mRNA注释、mRNA长度、mRNA丰度、mRNA差异表达等 |
9 | miRNA分析 | 样本ID、样本名称、miRNAID、miRNA注释、miRNA长度、miRNA丰度、miRNA差异表达等 |
10 | lncRNA | 样本名称、lncRNAID、lncRNA注释、mRNAID、mRNA注释、共表达差异、共表达富集分析等 |
11 | mRNA | 样本名称、mRNAID、mRNA注释、miRNAID、miRNA注释、共表达差异、共表达富集分析等 |
12 | 调控网络分析 | 样本ID、样本名称、调控网络图谱、调控网络拓扑分析、调控网络可视化等 |
13 | GO富集分析 | 样本ID、样本名称、富集GOTerm、GOTerm注释、GOTerm级别、GOTerm丰度等 |
14 | KEGG富集分析 | 样本ID、样本名称、Pathway注释、Pathway丰度等 |
15 | GSEA分析 | 样本ID、样本名称等 |
16 | WGCNA分析 | 样本ID、样本名称、模块化网络、核心基因、模块:基因关联系数、模块:样本关联系数等 |
17 | 神经网络分析 | 样本ID、样本名称、神经网络拓扑、神经元活动水平、功能融合等 |
18 | CNV分析 | 样本ID、样本名称、CNV注释、CNV差异表达等 |
19 | SV分析 | 样本ID、样本名称、结构变异类型、SV位置、SV注释、SV差异表达等 |
20 | 遗传变异分析 | 样本ID、样本名称、突变位点、突变注释、突变频率、突变差异表达等 |