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序列比对工具

序列比对工具
序列比对工具是一种用来比较两个或多个生物序列的工具。生物序列可以是DNA、RNA或蛋白质序列。序列比对是为了找出序列之间的相似性和差异性,并且可以用于各种生物学研究领域,例如生物进化、系统发育、基因功能注释等。序列比对工具主要有全局比对和局部比对两种方法。全局比对是将整个序列进行比较,找到最佳匹配。而局部比对则是在序列中找到局部区域的相似性。常用的序列比对工具包括BLAST、ClustalW、MAFFT等。BLAST(BasicLocalAlignmentSearchTool)是一种常用的全局比对工具,它可以找到两个序列之间的相似区域,并给出相似度的得分。ClustalW是一种常用的多序列比对工具,它可以将多个序列进行比对,并生成相应的多序列比对结果。MAFFT是一种针对多序列比对的快速算法,适用于大规模数据集的比对。序列比对工具的应用非常广泛,可以用于寻找新的基因、研究基因家族、鉴定物种、分析突变等。通过比对序列可以揭示生物之间的进化关系、功能保守性等重要信息,对于生物学研究具有重要意义。

系统版本1

*本系统功能模块、字段参数,均可结合用户实际业务需求调整,可增可减,以达到最佳业务管理流程的体验!

编号 模块名称 字段参数
1 BLAST 程序名称、输出文件名、查询序列、数据库、比对算法、E:value阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
2 ClustalW 输入文件、输出文件名、比对算法、树构建方法、间隔长度、输出格式、树结果、比对得分、比对长度等
3 MAFFT 输入文件、输出文件名、比对算法、矩阵选择、出口条件、迭代方法、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
4 MUSCLE 输入文件、输出文件名、比对算法、优化方法、最大迭代次数、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
5 T 输出文件名、比对算法、遗漏阈值、错配阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
6 ProbCons 输入文件、输出文件名、比对算法、最大迭代次数、收敛阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
7 Mauve 输入文件、输出文件名、比对算法、多重比对阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
8 Kalign 输入文件、输出文件名、比对算法、收敛阈值、迭代次数、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
9 Dialign TX:输入文件、输出文件名、比对算法、收敛阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
10 PROMALS 输入文件、输出文件名、比对算法、最大迭代次数、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
11 PRANK 输入文件、输出文件名、比对算法、最大迭代次数、收敛阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
12 Mulan 输入文件、输出文件名、比对算法、正则型参数、序列型参数、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
13 SATCHMO JS:输入文件、输出文件名、比对算法、输入序列集合、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
14 DIALIGN 输入文件、输出文件名、比对算法、迭代次数、结果选择方法、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
15 FSA 输入文件、输出文件名、比对算法、迭代次数、终止条件、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
16 POA 输入文件、输出文件名、比对算法、迭代次数、收敛阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
17 Dialign2 输入文件、输出文件名、比对算法、迭代次数、结果选择方法、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
18 3D 输出文件名、比对算法、遗漏阈值、错配阈值、输出格式、比对结果、比对得分、比对长度等
TAG标签:序列 / 比对 / 工具  HOT热度:39
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