*本系统功能模块、字段参数,均可结合用户实际业务需求调整,可增可减,以达到最佳业务管理流程的体验!
编号 | 模块名称 | 字段参数 |
1 | 数据导入 | 文件路径、DNA序列名、物种名、样本编号、读长、测序平台、数据质量等 |
2 | 数据清洗 | 质量过滤、去除低质量碱基、修剪、过滤掉低质量序列、尺寸选择等 |
3 | 序列比对 | 参考序列、允许错配、带罚分的比对、比对结果格式、比对算法等 |
4 | 序列拼接 | 重叠长度、最小重叠比例、拼接方法、引物序列、引物定向等 |
5 | 序列注释 | 基因功能注释、密码子使用频率、开放阅读框预测、功能分类等 |
6 | 序列比较 | 序列相似度计算方法、比较对象、相似性阈值、热图参数、对齐方法等 |
7 | 序列聚类 | 距离计算方法、聚类算法、聚类结果可视化、聚类阈值、聚类分析参数等 |
8 | SNP分析 | SNP筛选条件、SNP注释、基因型频率统计、关联分析、突变预测等 |
9 | SSR分析 | SSR定位、SSR类型、SSR长度范围、SSR重复次数、SSR丰度测定等 |
10 | InDel分析 | InDel检测方法、InDel长度、InDel位置、InDel频率、InDel遗传标记等 |
11 | 基因表达 | 差异表达分析、表达计数矩阵、加工参数、基因表达可视化、表达谱分类等 |
12 | 基因定量 | PCR探针信息、定量曲线拟合、标准品浓度计算、目标基因定量等 |
13 | 基因表达谐波 | 谐波分析参数、谐波成分提取、谐波周期检测、谐波振幅计算、谐波可视化等 |
14 | 基因网络分析 | 互作网络构建、基因调控网络、功能富集分析、基因网络可视化、调控关系预测等 |
15 | 基因序列分析 | 序列长度统计、密码子分析、motif搜索、ORF预测等 |
16 | 基因进化分析 | 进化树构建方法、进化距离计算、进化速率分析、进化树展示、遗传地理分析等 |
17 | 基因结构预测 | 启动子预测、剪接异构体分析、UTR预测、免疫应答元素预测、RNA二级结构预测等 |
18 | CRISPR | 剪切效率预测、异位突变位点预测、引物设计、合成引物序列等 |
19 | 氨基酸序列分析 | 长度计算、氨基酸组成、蛋白质结构预测、保守性分析、结构域预测等 |